Если на плате энкодера установлен датчик холла, то на него должны заводиться земля и питание. Выход датчика холла может быть либо двухтактным (push-pull) и тогда на выходе вы можете наблюдать либо ноль либо напряжение питания в зависимости от положения магнита, либо выход может быть типа "открытый коллектор/открытый сток" (open collector/open drain), в этом случае там только один нижний транзистор и в зависимости от положения магнита этот транзистор либо открыт и притягивает выход к земле, либо закрыт и тогда выход просто "болтается в воздухе" и притягивается к желаемому уровню питания на приемной стороне. У вас, похоже, вариант с открытым стоком и резистор 4.99 кОм прямо у разъема рядом с диодом как раз и притягивает выход датчика холла к уровню питания процессора. 0-4.8 В - вполне допустимые уровни для процессора с питанием 5 В. Вообще для КМОП-микросхем (почти все современные контроллеры) уровнем нуля считается все, что ниже ~0.3 * Uпит, уровень единицы - все, что выше 0.7 * Uпит, т.е. для 5 В нулем будет все, что ниже 1.5 В и единицей все, что выше 3.5 В. Исправен ваш энкодер.
Один раз припаять лампу проще, чем каждый раз подпаивать очередные проводочки от МГТФ. К тому же лампа обладает некоторым ненулевым сопротивлением и ограничивает ток в момент перегрузки, меньше вероятность спалить транзисторы. Впрочем, хозяин - барин.