Проблему решил. Узнав у клиента, что он уже носил в сервис до меня эту кофемашину, да и следы разбора уже были, решил поменять местами провода на счетчики воды и всё заработало. В общем проблема с system fills именно из-за счетчиков воды, так как провода были перепутаны, то и считать проц не мог со счетчика ничего. Именно поэтому ничего не менялось когда я просто отключал провода. Если смотреть на насосы, то клемма с оранжевым/зеленым от правого насоса, а клемма с фиолетовым/синим от левого. Спасибо всем, кто писал и пытался помочь, но я тоже не знал всех подробностей и думал, что как было подключено, то так и должно быть.