Никогда так не делайте! Если уже и делать капитальный ремонт с декальцинацией, то всегда только с полным разбором всех узлов!
Обязательно важен визуальный контроль состояния системы в целом, а так же желательно тонкие патрубки после декальцинации хорошо промывать и продувать на предмет остаточности закупорки в патрубках. Травить строго в разведенных растворах и под присмотром. Не класть к общую емкость для травления разнородные металлы! Да и вообще постарайтесь исключить из процесса травления алюминий, никель,железо.
Без разборки узлов кофемашины декальцинацию возможно проводить лишь на автоматических кофемашинках, так как там бойлер не разборный и по сути представляет из себя змеевик внутри алюминиевого корпуса в котором так же заключен нагревательный элемент.
Возможен первично при большом отложении карбонатов вариант, как счистить его механически если он конечно поддается.
Важный момент, при травлении растворяется не только карбонатный налет и отложения но и сам металл.(все зависит от применяемых реагентов,кислот)
Можете попробовать сульфаминовую кслоту. Травите так: снимите бойлер, закупорьте все отверстия кроме одного или двух, поднимите бойлер вертикально и влейте туда раствор воды и кислоты при температуре не ниже 40 градусов Цельсия. Предварительно зафиксируйте бойлер в надежном положении. Периодически можете обновлять раствор если реакция завершилась или идет слишком медленно. Я сам так поступаю, так как при таком способе мы меньший вред наносим бойлеру. По сути накипь у нас в нутри и без особой необходимости травить внешнюю сторону бойлера не стоит.
Надеюсь хоть немного вам смог помочь в вашей ситуации.